Para a tristeza dos fãs, o Ninja Gaiden: Master Collection deixou de fora o Ninja Gaiden Black e o Ninja Gaiden 2. A coleção só inclui Ninja Gaiden Sigma, 2007, Ninja Gaiden Sigma 2 e 2012 Ninja Gaiden 3: Borda da Razor.
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Segundo a Team Ninja, parte do código para esses jogos são irrecuperáveis. Em entrevista com a Famitsu, Fumihiko Yasuda explicou sobre esses jogos que ficaram de fora.
“Quanto ao Ninja Gaiden Black e o Ninja Original Gaiden 2, apenas pedaços de seus dados originais ainda estavam intactos, e não poderíamos salvá-los também. Essa é a razão pela qual escolhemos Sigma”, disse. Para aqueles que não sabem, Ninja Gaiden Black é uma versão retrabalhada de Ninja Gaiden, que saiu em 2005 e é famoso por ser ainda mais difícil do que o original.
O Black foi lançado para o Xbox One S e X, porém foi puxado do serviço de assinatura em setembro de 2019. Ninja Gaiden 2 é exclusivo de Xbox 360, que surgiu em 2008. Ainda na mesma entrevista, Yasuda falou que a equipe Ninja considera Ninja Gaiden Sigma e Ninja Gaiden Sigma 2 como “versões finais”.